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IBI — Initiation à la Bioinformatique — Resources

1. Sequence Data

1.1. Creating sequence data

Sequences obtained by students

1.2. Title conventions

Initials of the author/copier - Copy number - Initials of the transcriber onto the computer

1.3. Raw Data

>xzy|EMBOSS|0|JCT
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>xzy|FB|5|AP
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>xzy|OV|18|AP
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1.3.1. Sequences beginning by "GCT"

>xzy|SEQREV|0|JCT
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GCTCACCCTGGAGTTAGCCTTAATCACACGGTGCATGTCGAACATGGCGAGTGCTCCTCGGGGTTGATGCCGTAGCCGTAAGATGTTCCATGGCCTCCAGCTCCCTGGCCTCCCA
>xzy|EL|20|JL
GCTGTGGGTGGCGTACTCGTACTCGTTGATCACGGTGCTGTCCATCATGGCGCAGGGGCTGCTCTGGGGTTGATGCCGTTGATGTTCCTGGCCTCCAGCTCCCTGGCCTCCA
>xzy|FB|21|CS
GCTCACCCTGGAGTTAGCCTTAATCACACGGTGCATGTCGAACGTGGCGAGTGCTCCTCGGGGTTGATGCCGTAAGATGTTCCATGGCCTGGCCTCCAGCTCCCTGGCCTCCCA
          
          
1.3.1. Sequences NOT beginning by "GCT"

>xzy|EMBOSS|0|JCT
TGGGAGGCCAGGGAGCTGGAGGCCAGGAACATCAACGGCATCAACCCCGAGAGCAGCGCCTGCGCCATGATCGACAGCACCGTGATCAACGAGTACGCCAGGGACAGC
>xzy|TI|17|OZ
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>xzy|LS|4|DG
TGGGAGGCCAGGGAGCTGGAGGCCAGGAACATCAACGGCATCAACCCCGAGAGCAGCGCCTGCGCCATGATCGACAGCACCGTGATCAACGAGTACGCCAGGGACAGC
>xzy|CLSP|10|DG
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>xzy|XX|17|JG
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>xzy|EL|6|JG
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>xzy|LM|15|JG
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>xzy|EA|20|CLSP
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>xzy|TI|7|JB
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>xzy|GY|9|JB
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>xzy|TI|18|JB
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>xzy|CS|13|LS
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>xzy|DG|15|LS
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>xzy|AA|16|JL
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>xzy|OZ|17|VLB
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>xzy|SP|13|VL
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>xzy|OZ|14|VL
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>xzy|EA|5|CS
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>xzy|AW|1|CS
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>xzy|DG|11|AA
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>xzy|VO|22|AA
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>xzy|AP|20|JG
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>xzy|OV|19|JG
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>xzy|JL|12|EL
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>xzy|VLB|8|EL
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>xzy|DA|18|YG 
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>xzy|JB|11|MD
TGGGAGGCCAGGGGCTGGAGGCCAGGAACATCAACGGCATCAACCCCGAGAGCAGCGCCTGCGCGATGATGATGGACAGCACCGTGACAACGAGTACGCCAGGACAGC
>xzy|OV|6|MD
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>xzy|AP|4|FB 
TGGGAGGCCAGGGAGCTGGAGGCCAGGAACATCAACGGCATCAACCCCGAGAGCAGCGCCTGCGCCATGATCGACAGCACCGTGATCAACGAGTACGCCAGGGACAG
>xzy|SC|14|FB
TGGGAGGCCAGGGAGCTGGAGGCCAGGAACATCAACGGCATCAACCCCGAGAGCAGGGCCTGCGCGATGATGGACAGACCGTGACAAGGAGTACGCCAGGACAGC
>xzy|YG|15|FB
TGGGAGGCCAGGGAGCTGGAGGCCAGGAACATCAACGGCATCAACCCCCAGAGCAGCGCCTGCGCGATGCACAGACCGTGACAAGGAGTACGCCAGGACAGC
>xzy|JQ|1|DA
TGGGAGGCCAGGGAGCTGGAGGCGAGGAACAATCAACGGCATCAACCCCGAGAGCAGCGCCTCGGCCATGATCGACAGCAGCGAGATCAACGAGTACGCCAGGGACAGC
>xzy|OZ|12|DA
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>xzy|FB|5|AP
TGGGAGGCCAGGGAGCTGGAGGCCAGGAACATCAACGGCATCAACCCCGAGAGCAGCGCCTGCGCCATGATGGACAGCACCGTGATCAACGAGTACGCCACGCACAGC
>xzy|OV|18|AP
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>xzy|EA|19|AP
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>xzy|VO|2|TL
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TGGATCCGAAGGCATGAGCCACCTAGCTCGTCAGGATAACCCGTGAGCCTTAGCTCCAGGACCGATCAACGAGTCCAGGGACAG
>xzy|TL|3|IT
TGGGAGGCCAGGGAGCTGGAGGCCAGGCAACATCAACGGCATCAACCCCGCAGAGCAGCGCCTGCGCCATGATCGACAGCACCGTGATCAACGAGTACGCCAGGGACAGC
>xzy|AP|21|VO
TGGGAGGCCACGACCTGGAGCCAATCAACGGCGGCACCCCGAAGCGCCCCAGGGCCTGCGCCTGAGATCCACAGCCGTGTCAAGGAGTACGCCCAGGGACAGT
>xzy|JG|23|VO
TCGATCCGAAGGGATGAGCCACCTAGCTCGTCAGGATAACCCGTGAGCCTTAGCTCCAGGACCGATCAACGAGTCCAGGGACAG
>xzy|DA|16|ND
TGGGAGCAAAGGAGCTGGGAGGCCAGGAACATCAACGGCATCAACCCCCAGAGCAGGGCCTCGCGCGATGGACAGACCGTGACAAGGAGTACGGCCGGCAGC